図上からモデルを削除する際に「図から削除」を選択したことが原因です。
astah*には、モデルの削除方法が2つあります。

モデルから削除

選択したモデルを、プロジェクトファイルから完全に削除します。同時に、全ての図からも削除します。

図から削除

選択したモデルを、現在開いている図上からのみ削除します。モデル自体はプロジェクトファイルのみに内に残りますので、構造ツリー上にも表示されます。他の図で使用されている場合は、これらも残ります。

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各操作のショートカットキーと合わせて覚えると便利です。

モデルから削除	Ctrl + D	Cmd + D
図から削除	Delete	Fn + Delete