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削除したはずのモデルが、構造ツリー上に存在します

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図上からモデルを削除する際に「図から削除」を選択したことが原因です。
astah*には、モデルの削除方法が2つあります。
図要素選択時の削除メニュー

モデルから削除

選択したモデルを、プロジェクトファイルから完全に削除します。同時に、全ての図からも削除します。

図から削除

選択したモデルを、現在開いている図上からのみ削除します。モデル自体はプロジェクトファイルのみに内に残りますので、構造ツリー上にも表示されます。他の図で使用されている場合は、これらも残ります。
各操作のショートカットキーと合わせて覚えると便利です。
Windowsの場合 macOSの場合
モデルから削除 Ctrl + D Cmd + D
図から削除 Delete Fn + Delete