ファカルティサイトライセンスを直接インストールフォルダに保存してastah*に読み込ませる場合は、ライセンスファイル名を「astah_faculty_license.xml」から下記のように製品毎に変更する必要があります。
ファイル名をリネーム後に、astah*を再起動してください。